هر دوی این مساجد بیش از هزار سال قدمت دارند اما قدیمی‌ترین اسناد و شواهد موجود درباره تاریخچه مسجد جمکران به بیش از 350 سال پیش باز می‌گردد. این سند دستخط «علم الهدی» فرزند ملامحسن فیض کاشانی (داماد ملاصدرا) است. او نوشته به همراه پدرش به زیارت حضرت معصومه(س) در قم آمده و سپس به مسجد مقدس جمکران برای زیارت رفته است. جالب‌تر آن‌که وی از پدرش نقل می‌کند که شیخ بهایی و محمدتقی مجلسی (مجلسی اول) هم به زیارت مسجد مقدس جمکران می‌آمده‌اند.

سند دیگر سنگ تاریخ مسجد جمکران است که به بیش از 270 سال پیش باز می‌گردد:

اما در سال‌های اخیر برخی ـ ناخواسته یا آگاهانه ـ نوک پیکان شبهات را به سوی این مسجد هدف گرفته و در سند آن تشکیک کرده‌اند. از جمله دلایل این موضوع را نیز عدم تشرف امام خمینی(ره) در طول عمر پربرکت خویش به این مسجد عنوان می‌کنند.

حجت‌الاسلام مرتضی وافی معاون فرهنگی مسجد جمکران در این باره می‌گوید: پس از ایراد شبهات بسیار درباره صحت مسجد مقدس جمکران و بیان این موضوع که امام خمینی(ره)‌ هرگز به این مسجد نرفته‌اند، با همکاری سازمان صدا و سیما، فیلم مستند تشرف امام خمینی(ره) به مسجد مقدس جمکران را آماده کردیم.

در این مستند مدارکی از سوی سازمان ساواک وجود دارد که نشان می‌دهد امام خمینی در عصر روز چهارم خرداد 1343 قصد سخنرانی در مسجد جمکران را داشته است. همچنین سند دیگری نشان می‌دهد در همین ایام، امام خمینی ساعت 4 صبح به مسجد جمکران رفته و ساعت 6:30 از آن خارج شده است.

در بخش دیگری از این فیلم مستند نیز حضور امام خمینی(ره) در 17 اسفند 1357 در شهر مقدس قم و سفر به مسجد مقدس جمکران نمایش داده می‌شود که در ویدئوی زیر قابل مشاهده است:

همچنین در آغاز پیروزی انقلاب اسلامی، حضرت امام تعدادی از اعضای جامعه مدرسین را مأمور رسیدگی به وضع مسجد مقدس جمکران کرد. این آقایان پس از بررسی همه جانبه و تبادل نظر با هیأت امنای مسجد، با توجه به اهمیت این مکان مقدس پیشنهاداتی را تهیه و برای تصویب نهایی طی نامه‌ای در تاریخ 17/2/1358 به محضر حضرت امام تقدیم کردند که امام خمینی(ره) نیز چنین نوشت: آنچه را حضرات آقایان مدرسین [حضرات آیات: محمد محمدی گیلانی، حسین راستی کاشانی ، علی مشکینی، محمد یزدی و ...] تصویب کرده‌اند، مورد تأیید اینجانب می‌باشد. (صحیفه امام، جلد 7، صفحه 195)

برخی از این مصوبات به شرح زیر است:

- با توجه به اقبال روزافزون مردم به مسجد صاحب‌الزمان در جمکران، باید حفاظت و رفاه زائران بیش از گذشته مورد توجه قرار گیرد و طرحهای جالب و اصلاحی بسیار کامل...به فوریت با رعایت الاهم فالاهم به اجرا درآید.

- با توجه به اینکه مسجد مقدس جمکران یادگاری عظیم از حضرت ولی‌عصر(ارواحنافداه) بوده و آن سرور امر به ساختن مسجد و توجه شیعیان به آن نموده‌اند-طبق روایت مرحوم شیخ صدوق(رضوان‌الله‌علیه)- بنابراین وقف عام محسوب شده و امر تولیت آن با حاکم شرع بوده و اداره آن زیر نظر حاکم شرع با هیأتی از عدول مؤمنین و ثقات مطلع امین و علاقه‌مند به آن جناب(ع) باید باشد و کلیه اموال و عواید حاصله باید با حفظ مصالح مسجد دقیقا صرف عمران و توسعه و رفع نیازمندی‌های آن مکان شود.